Il suffit de parser le texte en plusieurs fois.
Par exemple, cette lib ( https://github.com/michelf/php-markdown ) ne parse pas le texte encadré par les balises

.

Ça permet donc de mixer un parser bbcode, qui mettra ton code entre des 
, puis de parser le reste avec du markdown.

Sur mon moteur de blog, le parseur tient en 40 lignes (et encore, si on parle en lignes "utiles" ça passe à une dizaine).
=> https://github.com/ziirish/fmb-plugins/tree/master/Markdown

Un puissant parseur Markdown en PHP